La historia gira alrededor de Kuroko Tetsuya, estudiante de primer año del instituto Seirin, quien se incorpora al equipo de baloncesto de su nuevo instituto. Kuroko, junto a su nuevo compañero de equipo, Kagami Taiga, deciden convertir al equipo de baloncesto de Seirin en el mejor del campeonato.

En una era en la que los espías actúan entre bastidores en cada tierra, Chloe pasa sus días llevando a cabo con éxito incluso las misiones más difíciles gracias a sus inigualables habilidades de disfrazarse y para las artes marciales. Sin embargo, tras la traición de su jefe, desaparece repentinamente, ya que Chloe planea rehacer su vida como la ciudadana común Victoria en el reino vecino de Ashberry, buscando una vida "normal". Sin embargo, la vida pacífica de Victoria se ve abruptamente interrumpida cuando comienza a involucrarse con muchas personas. En esta nueva tierra, sus experiencias y habilidades de sus días como espía le resultan mucho más útiles de lo que esperaba. Por otro lado, el segundo príncipe y un perseguidor de la organización, entre otros, se interesan en la fuerza de Victoria, y muchas sombras se ciernen sobre la que tiene todas las cartas en su mano.

En un Japón de un futuro cercano donde la civilización ha retrocedido debido a la guerra nuclear, los desastres naturales y un gobierno corrupto. La nación se fractura en tres, sumergiéndose en una nueva era de Tres Reinos mientras cada uno lucha por la supremacía. Aoteru Misumi, antes un oscuro burócrata local, fija su objetivo en la reunificación de Japón. Armado con vastos conocimientos y una elocuencia excepcional, asciende gradualmente.