La historia gira alrededor de Kuroko Tetsuya, estudiante de primer año del instituto Seirin, quien se incorpora al equipo de baloncesto de su nuevo instituto. Kuroko, junto a su nuevo compañero de equipo, Kagami Taiga, deciden convertir al equipo de baloncesto de Seirin en el mejor del campeonato.

En un mundo postapocalíptico convertido en desierto tras una guerra nuclear, Kanta Mizuno, conocido como "Desert Punk," es un mercenario del desierto de Kanto, famoso por completar sus misiones usando ingeniosas tácticas caseras.

Un estudiante promedio del instituto, llamado Haruaki Yachi recibe un paquete misterioso y pesado de su padre en el extranjero. Esa noche a Haruaki lo despierta un sonido proveniente de la cocina donde encuentra a una chica desnuda robandole comida. El susto que se lleva Haruaki por esta chica es el primero de muchos que están por venir.