La protagonista del anime es una chica llamada Excel (el anime lleva su nombre) que es una joven hiperactiva que trabaja para una organización secreta que quiere dominar el mundo. El jefe de esa organización secreta es Il Palazzo y Excel le tiene tanta admiración a el que haría cualquier cosa por el. Il Palazzo esta convencido que el mundo va de mal en peor… lleno de odio, violencia, muertes, etc. Por lo tanto el considera que debe empezar por matar el creador del manga de Excel Saga (Koshi Rikudo). Durante el transcurso de este anime es bien probable que se rían mucho por las extrañas parodias que hacen y verán como en cada capitulo los intentos de Excel a completar las misiones fallan siempre.

En un Japón de un futuro cercano donde la civilización ha retrocedido debido a la guerra nuclear, los desastres naturales y un gobierno corrupto. La nación se fractura en tres, sumergiéndose en una nueva era de Tres Reinos mientras cada uno lucha por la supremacía. Aoteru Misumi, antes un oscuro burócrata local, fija su objetivo en la reunificación de Japón. Armado con vastos conocimientos y una elocuencia excepcional, asciende gradualmente.