La historia sigue los eventos de la serie original vistos a través de los ojos de Shiba Miyuki, la hermana de Tatsuya. La vida de un estudiante de honor viene con muchas expectativas … ¡¿y sentimientos ocultos inesperados ?!

Hace seis meses, Lord Hugh Disward (Huey), perdió a su excéntrico abuelo, Wes. Para heredar el patrimonio de Wes, Huey debe asumir la tutela de los 'Archivos Místicos de Dantalian' que contienen conocimientos prohibidos y una misteriosa chica llamada Dalian. Dalian y Huey comienzan una asociación poco probable mientras resuelven misterios causados ​​por Phantom Books.