La historia trata de Shichika Yasuri, séptima cabeza generacional de la escuela de artes marciales Kyotô-ryû en el Japón medieval. Tanto él como su pequeña hermana Nanami viven en una isla solitaria hasta que un consejero militar de nombre Togame les habla sobre las 12 espadas legendarias que han sido forjadas. Como resultado, Sichika se embarca en una aventura en busca de dichas espadas.

La historia gira alrededor de Kuroko Tetsuya, estudiante de primer año del instituto Seirin, quien se incorpora al equipo de baloncesto de su nuevo instituto. Kuroko, junto a su nuevo compañero de equipo, Kagami Taiga, deciden convertir al equipo de baloncesto de Seirin en el mejor del campeonato.

En el Período de los Estados Combatientes de la antigua China (475-221 a. C.), Shin y Hyou son huérfanos de guerra en el reino de Qin. Sueñan con algún día probarse en el campo de batalla. Un día, sin embargo, Hyou es llevado al palacio por un ministro. Terminando en el lado perdedor de una lucha de poder, Hyou logra regresar a la aldea, apenas con vida. Shin luego conoce a un chico que se parece mucho a Hyou, Ei Sei. Por ahora él es el rey de Qin; Más tarde se convertirá en el emperador Shi Huangdi.

Caimán quiere matar al hechicero responsable de la maldición por la que tiene una cabeza de reptil. Aunque cuente con la ayuda de una amiga, no resultará fácil.